Konferensi Inter Indonesia merupakan konferensi yang berlangsung antara negara Republik Indonesia dengan negara-negara boneka atau negara bagian bentukkan Belanda yang tergabung dalam BFO atau Bijeenkoms voor Federal Overlag. BFO yang didirikan di Bandung pada 29 Mei 1948 merupakan lembaga permusyawaratan dari negara-negara federal yang memisahkan dari RI.
Pada awalnya pembentukkan BFO ini diharapkan oleh Belanda akan mempermudah Belanda untuk kembali berkuasa di Indonesia. Namun sikap negara-negara yang tergabung dalam BFO berubah setelah Belanda melancarkan agresi militernya yang kedua terhadap Indonesia. Karena simpati dari negara-negara BFO ini maka pemimpin-pemimpin Republik Indonesia dapat dibebaskan dan BFO jugalah yang turut berjasa dalam terselenggaranya Konferensi Inter-Indonesia. Hal itulah yang melatarbelakangi dilaksanakannya Konferensi Inter-Indonesia pada bulan Juli 1949.
Soekarno menyebut konferensi ini sebagai “trace baru” bagi arah perjuangan Indonesia. Konferensi Inter – Indonesia dilaksanakan dalam dua tahap, yakni di Yogyakarta dan Jakarta.
a. Di Yogyakarta (19 – 22 Juli 1949)
Dalam konferensi tahap pertama telah disepakati bahwa:
1) negara Indonesia Serikat akan diberi nama Republik Indonesia Serikat;
2) Merah Putih adalah bendera kebangsaan;
3) Indonesia Raya adalah lagu kebangsaan;
4) Bahasa nasional adalah bahasa Indonesia;
5) 17 Agustus adalah Hari Kemerdekaan.
Hasil Konferensi Inter Indonesia ini ternyata adalah konfirmasi consensus nasional yang sejak 17 Agustus 1945 direalisasikan dalam perjuangan bangsa.
b. Di Jakarta (31 Juli – 2 Agustus 1949)
Konferensi Inter Indonesia tahap kedua bertempat di Gedung Pejambon, Jakarta. Salah satu keputusan penting yang diambil adalah bahwa BFO menyokong tuntutan Republik Indonesia atas penyerahan kedaulatan tanpa ikatan-ikatan politik ataupun ekonomi.
Hasil kesepakatan dari Konferensi Inter-Indonesia adalah:
1. Negara Indonesia Serikat disetujui dengan nama Republik Indonesia Serikat (RIS) berdasarkan demokrasi dan federalisme (serikat).
2. RIS akan dikepalai oleh seorang Presiden dibantu oleh menteri-menteri yang bertanggung jawab kepada Presiden.
3. RIS akan menerima penyerahan kedaulatan, baik dari Republik Indonesia maupun dari kerajaan Belanda.
4. Angkatan perang RIS adalah angkatan perang nasional, dan Presiden RIS adalah Panglima Tertinggi Angkatan Perang RIS.
5. Pembentukkan angkatan Perang RIS adalah semata-mata soal bangsa Indonesia sendiri. Angkatan Perang RIS akan dibentuk oleh Pemerintah RIS dengan inti dari TNI dan KNIL serta kesatuan-kesatuan Belanda lainnya.
Di bidang militer/pertahanan konferensi memutuska antara lain:
1) Angkatan Perang Republik Indonesia Serikat (APRIS) adalah Angkatan Perang Nasional.
2) TNI menjadi inti APRIS dan akan menerima orang-orang Indonesia yang ada dalam KNIL, dan kesatuan-kesatuan tentara Belanda lain dengan syarat-syarat yang akan ditentukan lebih lanjut.
3) Pertahanan negara adalah semata-mata hak Pemerintah RIS, Negara-negara bagian tidak mempunyai angkatan perang sendiri.
Beberapa negara anggota Bijeenkoms voor Federal Overlag atau negara-negara boneka ciptaan Belanda antara lain:
1. Negara Indonesia Timur
Berdiri : Desember 1946
Wilayah : Timur Selat Makasar dan Selat Bali
Pemimpin : Tjokorda Gede Raka Sukawati
2. Negara Sumatera Timur
Berdiri : 25 Desember 1945 (diresmikan pada tanggal 16 Februari 1947)
Wilayah : Kota Medan dan sekitarnya
Pemimpin : Dr. Mansur
3. Negara Sumatera Selatan
Berdiri : 30 Agustus 1948
Wilayah : Kota Palembang dan sekitarnya
Pemimpin : Abdul Malik
4. Negara Jawa Timur
Berdiri : 26 Nopember 1948
Wilayah : Kota Surabaya, Malang dan daerah-daerah sebelah timur hingga ke Banyuwangi
Pemimpin : R. T. Kusumonegoro
5. Negara Pasundan
Berdiri : 26 Februari 1948
Wilayah : Priangan, Jawa Barat dan sekitarnya
Pemimpin : R. A. A. Wiranata Kusumah
6. Negara Madura
Berdiri : 16 Januari 1948
Wilayah : Kota Madura dan sekitarnya
Pemimpin : Tjakraningrat
Selain negara-negara boneka yang diciptakan oleh Belanda, terdapat juga daerah-daerah yangmemiliki otonomi seperti Kalimantan Barat, Dayak Besar, Banjar, Kalimantan Tenggara, JawaTengah, Bangka, Belitung, dan Riau. Daerah-daerah tersebut dikepalai oleh Sultan Hamid II.
